以下が非常に参考になりました。
要するに、WordPressの.htaccessやindex.phpをいじるのではなく、
さくらのサブドメインのURLルートパスをWordPressのインストール先に合わせるってことか

http://www.8seminar.com/info/sakura/
http://www.8seminar.com/info/sakura2/
http://www.8seminar.com/info/sakura3/